მისი სასიმღერო კარიერა ადრეული ასაკიდან დაიწყო - პირველად ვოკალ-ინსტრუმენტულ ანსამბლში „მზიური“, რომელიც ყოფილი საბჭოთა კავშირის ქვეყნებსა და უცხოეთში დიდი პოპულარობით სარგებლობდა. მოგვიანებით კი ვოკალურ ტრიოში „ნატალი“ და ჯაზ-კვარტეტში „3+1“. 2002-2004 წლებში, როგორც სოლო შემსრულებელი, იგი თანამშრომლობდა კომპანია „არტ იმედთან“. ნატო მეტონიძე კლასიკური ჟანრის შემსრულებელი გახლავთ. მის კარიერაში მნიშვნელოვანი ადგილი უკავია პროექტს „ყველას რაიმე აქვს სახსოვარი“ გია ყანჩელის მუსიკით კინოსა და თეატრისათვის (გამოცემულია CD და DVD-ის სახით), საორკესტრო ვერსიების ავტორი - ნიკოლოზ რაჭველი, დამდგმელი რეჟისორი - დავით დოიაშვილი.
ნატო მეტონიძეს მიღებული აქვს საერთაშორისო პრიზები, მათ შორისაა მოსკოვის მუსიკის საერთაშორისო ფესტივალი „პარნასი“ და ვიტებსკის „სლოვაკეთის ბაზარი“. აღსანიშნავია მისი თანამშრომლობა მსოფლიოში სახელგანთქმულ მესაყვირე კრის ბოტისთან, რომელიც 2004 წლის თბილისის ჯაზ-ფესტივალზე შედგა; ასევე XYLEM ტრიოსთან (ლატვია). ნატო მეტონიძის, ნიკოლოზ რაჭველისა და დავით დოიაშვილის მიერ 2015 წელს განხორციელდა მორიგი ერთობლივი თეატრალიზირებული პროექტი სახელწოდებით „ინტროსპექცია“, რომელშიც მუსიკისა და დრამის თეატრის მსახიობები და საქართველოს ეროვნული სიმფონიური ორკესტრი მონაწილეობდა. თბილისის საკონცერტო დარბაზში გამართული პრემიერის შემდეგ, პროექტმა უდიდესი წარმატება მოიპოვა ნიუ იორკსა და ფილადელფიაში ( 2016 წელი).
ნატო მეტონიძეს მნიშველოვანი საკონცერტო გამოსვლები ჰქონდა მსოფლიოს მრავალი ქვეყნის სცენაზე, მათ შორის - საფრანგეთი, გერმანია, ესპანეთი, საბერძნეთი, კოსოვო, პოლონეთი, დიდი ბრიტანეთი, ამერიკის შეერთებული შტატები და სხვა.